がんゲノム医療の検査

がん治療を目的とした遺伝子の検査とはどのような検査なのか、がん遺伝子パネル検査コンパニオン診断の違いなどを解説します。

※遺伝性のがんの診断を目的とした遺伝子の検査については、QLife遺伝性疾患プラスに掲載の、各種の遺伝性がんの解説記事をご参照ください。

がん遺伝子パネル検査とは

 がん遺伝子パネル検査は、遺伝子の解析結果から治療方針を選択するための検査です。全ての遺伝子または一部の遺伝子について、「塩基置換・挿入/欠失※1」「遺伝子増幅・欠失※2」「遺伝子融合※3」「遺伝子発現」などを、次世代シークエンサーを用いて解析し、それらのデータを専門家による会議(エキスパートパネル)で包括的に解釈した結果から、治療方針を選択します。この検査では、一度に数十から数百もの遺伝子変化を調べることができます。薬物療法の治療効果を予測するのが主な目的ですが、承認薬の治療効果を予測するために遺伝子を調べる「コンパニオン診断」とは異なり、標準治療以外の治療に用いられる薬剤の効果についても検査結果から検討されることがあります。

塩基置換

 DNAは、「A」「G」「C」「T」の4種類の塩基が意味を持った並び順で長く連なり構成されています。特定の塩基が何らかの原因で、他の塩基に変わることを「塩基置換」といいます。

挿入

 何らかの原因でDNAの一部の塩基の並び(塩基配列)が追加され、塩基数が変化する(増える)ことを「挿入」といいます。

欠失

 何らかの原因でDNAの一部の塩基配列が欠けて、塩基数が変化する(減る)ことを「欠失」といいます。

遺伝子増幅

 何らかの原因である特定の遺伝子の数が増えることを「遺伝子増幅」といいます。

遺伝子融合

 何らかの原因で複数の異なる遺伝子が融合することを「遺伝子融合」といいます。遺伝子融合の結果、新たな機能を持つ遺伝子となる場合もあります。

遺伝子発現

 遺伝子からタンパク質が作られるプロセスのことを「遺伝子発現」といいます。同じ遺伝子でも、遺伝子発現量は、組織や細胞の状態などにより異なる場合があります。

※1~3:遺伝子変異の種類の詳細は、遺伝性疾患プラスの「遺伝子変異にはどのようなものがありますか?」を参照ください。

検査対象者と検査可能施設

 がん遺伝子パネル検査は、「がんゲノム医療中核病院」「がんゲノム医療拠点病院」「がんゲノム医療連携病院」で受けることができます。

 対象となるのは、「標準治療がない固形がん」「局所進行または転移があり、標準治療が終了した(終了見込み含む)固形がん」で、薬物療法を希望する患者さんです。

がん遺伝子パネル検査の流れ

 がん細胞(がん組織)および血液を採取し、塩基配列を高速で読み出す遺伝子解析装置(次世代シークエンサー)を用いて、がん細胞のゲノム解析を行います。解析結果が出たら、複数の領域の専門家が集まり、その結果にどのような意義があるかを検討します。この検討会議を、「エキスパートパネル」と言います。意義を含めた結果はレポートにまとめられ、これを用いて担当医が患者さんに説明を行います。

がん遺伝子パネル検査の流れ
がん遺伝子パネル検査の流れ

がん遺伝子パネル検査の種類と特徴

 2023年8月現在、がん遺伝子パネル検査として保険適用されているのは、「OncoGuide NCC オンコパネルシステム」「FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル」「オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム」「GenMineTOP がんゲノムプロファイリングシステム」の4つです。「Todai Onco Panel」は、先進医療Bとして実施され、現在保険適用に向けて準備が行われています。

OncoGuide NCC オンコパネルシステム

 日本人のがん患者さんで見られる、124個の遺伝子の変異(変異・増幅)について、次世代シークエンサーを用いて1回の検査で調べることができます。このうち13の遺伝子は、再編成についても調べることができます。また、合計変異出現率(TMB:腫瘍変異負荷)も算出可能です。TMBは、がん細胞のゲノムに生じた遺伝子変異のおおよその量です。TMBが多いと、細胞が持つ遺伝子変異を修復する機能に異常があり、がんが発生しやすいと考えられています。

 体細胞遺伝子の変化と生殖細胞系列の遺伝子変化も区別することができます。生殖細胞は、遺伝情報を親から子へ伝える役割をもつ細胞です。体細胞は、生殖細胞以外の全ての細胞のことです。体細胞遺伝子変異は、後天的な原因で発生したがん細胞における遺伝子の変化で、生殖細胞系列の遺伝子変化は、生まれつき持っている遺伝子の変化です。生殖細胞系列の遺伝子に変化がある場合、遺伝性のがんとされ、その例として、遺伝性乳がん卵巣がんの原因となる「BRCA1/2遺伝子」や、リンチ症候群の原因となる「ミスマッチ修復遺伝子」などが挙げられます。保険診療の対象です。

FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル

 がんの診断や治療に関連する324個の遺伝子が搭載されており、変異(塩基置換、挿入/欠失、コピー数異常、再編成)、マイクロサテライト不安定性(MSI)、TMBなどを調べることができます。さらに、「非小細胞肺がん」「乳がん」「大腸がん」「悪性黒色腫」「固形がん」などに対するコンパニオン診断としての機能を持っているのが特徴です。保険診療の対象です。

GenMineTOP がんゲノムプロファイリングシステム

 固形がん患者さんの腫瘍組織検体から抽出したDNAとRNA、並びに同一患者さんの血液(がんではない部分の細胞)から抽出したDNAを用いて比較(ペア解析)することで、がんの診断や治療に関連する737のDNA変異(塩基置換、挿入/欠失、コピー数異常)の検出、RNA変異(融合、エクソンスキッピング)の検出、およびRNAの発現量の情報を一括取得することができます。

Todai OncoPanel

 Todai OncoPanelは、DNAだけでなくRNAも解析対象としているのが特徴です。DNAパネル478遺伝子とRNAパネル677遺伝子の全980遺伝子を解析します。DNAパネルでは、高度変異や染色体コピー数異常などを調べることができ、RNAパネルでは、融合遺伝子エクソンスキッピング、特定遺伝子の発現量などを調べることができます。保険診療の対象ではありません。

Oncomine Target test システム

 Oncomine Target test システムは、治療標的となる遺伝子や治療選択に有益な遺伝子を調べることに特化した小型パネルを使用したがん遺伝子パネル検査です。46の遺伝子パネルを搭載し、がん細胞のDNAを解析することで35の遺伝子変異を調べることができます。また、がん細胞のRNAを解析することで、ALKやROS1をはじめとした21個の融合遺伝子を調べることができます。少量の検体でも、検査ができるのが特徴です。

保険適用と先進医療として実績のあるがん遺伝子パネル検査

OncoGuide NCCオンコパネルシステムFoundationOneCDxがんゲノムプロファイルGenMineTOP がんゲノムプロファイリングシステムTodai Onco PanelOncomine Target test システム
保険適用先進医療B終了(現在、自由診療として実施中)先進医療B終了
搭載遺伝子数124324DNA737
RNA460
DNA478
RNA677
46
解析対象変異、増幅、融合変異、増幅、融合DNA変異(塩基置換、挿入/欠失、コピー数異常)、RNA変異(融合455、エクソンスキッピング5)、RNA発現量27変異、増幅、融合、発現量(参考値)変異、増幅、融合
コンパニオン診断機能非小細胞肺がん:
EGFRエクソン19欠失変異およびエクソン21
L858R変異
EGFRエクソン20T790M変異
ALK 融合遺伝子
ROS1融合遺伝子
悪性黒色腫:
BRAF V600EおよびV600K変異
乳がん:
ERBB2コピー数異常
(HER2 遺伝子増幅陽性)
結腸・直腸がん:
KRAS/NRAS野生型
固形がん:
NTRK1/2/3 融合遺伝子
TMB
マイクロサテライト不安定性
遺伝性腫瘍原因遺伝子の病的バリアント

出典:次世代シークエンサー等を用いた遺伝子パネル検査に基づくがん診療ガイダンス2020年 第2.1版.表I-2
GenMineTOP がんゲノムプロファイリングシステム添付文書より作成より作成

コンパニオン診断

 コンパニオン診断は、遺伝子変化を標的とした治療薬の効果や副作用を予測するための検査です。がんの遺伝子変化の種類によって医薬品による治療効果が変わるため、薬剤に対して有効な遺伝子異常を有しているかどうかを事前に予測する目的で用いられます。

医薬品の適応判定を目的として承認された体外診断用医薬品または医療機器一覧

製品名一般名適応コンパニオン診断遺伝子/タンパク質
アービタックスセツキシマブ結腸・直腸がんMEBGEN RASKET-B キットKRAS/NRAS遺伝子変異
OncoBEAM RAS CRCキット
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
Idylla RAS-BRAF Mutation Test「ニチレイバイオ」
アルンブリグブリグチニブ非小細胞肺がんVysis ALK Break Apart FISHプローブキットALK融合遺伝子
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
肺がんコンパクトパネルDxマルチコンパニオン診断システム
ベンタナ OptiView ALK (D5F3)ALK融合タンパク
ヒストファイン ALK iAEP キット
アレセンサアレクチニブ非小細胞肺がんヒストファイン ALK iAEP キットALK融合タンパク
ベンタナ OptiView ALK (D5F3)
Vysis ALK Break Apart FISHプローブキットALK融合遺伝子
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
FoundationOne Liquid CDx がんゲノムプロファイル
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
肺がんコンパクトパネルDxマルチコンパニオン診断システム
イレッサゲフィチニブ非小細胞肺がんコバス EGFR 変異検出キット v2.0(組織、血漿)EGFR遺伝子変異
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
therascreen EGFR変異検出キットRGQ「キアゲン」
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
EGFRリキッド遺伝子解析ソフトウェア(組織、血漿)
FoundationOne Liquid CDx がんゲノムプロファイル
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
肺がんコンパクトパネルDxマルチコンパニオン診断システム
ヴァイトラックラロトレクチニブ固形がんFoundationOne CDx がんゲノムプロファイルNTRK1/2/3融合遺伝子
ヴァンフリタキザルチニブ急性⾻髄性白血病リューコストラットCDx FLT3変異検査FLT3遺伝子変異
エンハーツトラスツズマブ デルクステカン乳がんベンタナ ultraView パスウェー HER2(4B5)HER2タンパク
オプジーボニボルマブ結腸・直腸がんMSI検査キット(FALCO)マイクロサテライト不安定性
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
Guardant360 CDx がん遺伝子パネル
Idylla MSI Test「ニチレイバイオ」
キイトルーダペムブロリズマブ非小細胞肺がんPD-L1 IHC 22C3 pharmDx 「ダコ」 PD-L1タンパク
食道がん
乳がん
固形がんMSI検査キット(FALCO)マイクロサテライト不安定性
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
Guardant360 CDx がん遺伝子パネル
ベンタナ OptiView PMS2(A16-4)ミスマッチ修復機能⽋損
ベンタナ OptiView MSH2(G219-1129)
ベンタナ OptiView MSH6(SP93)
ベンタナ OptiView MLH1(M1)
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル腫瘍遺伝子変異量
結腸・直腸がんMSI検査キット(FALCO)マイクロサテライト不安定性
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
Guardant360 CDx がん遺伝子パネル
Idylla MSI Test「ニチレイバイオ」
ベンタナ OptiView PMS2(A16-4)ミスマッチ修復機能欠損
ベンタナ OptiView MSH2(G219-1129)
ベンタナ OptiView MSH6(SP93)
ベンタナ OptiView MLH1(M1)
ザーコリクリゾチニブ非小細胞肺がんヒストファイン ALK iAEP キット**ALK融合タンパク
ベンタナ OptiView ALK (D5F3)
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイルALK融合遺伝子
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
Vysis ALK Break Apart FISHプローブキット**
FoundationOne Liquid CDx がんゲノムプロファイル
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
肺がんコンパクトパネルDxマルチコンパニオン診断システム
OncoGuide AmoyDx ROS1 融合遺伝子検出キットROS1融合遺伝子
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
肺がんコンパクトパネルDxマルチコンパニオン診断システム
ジオトリフアファチニブ非小細胞肺がんコバス EGFR 変異検出キット v2.0(組織、血漿)EGFR遺伝子変異
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
therascreen EGFR変異検出キットRGQ「キアゲン」
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
EGFRリキッド遺伝子解析ソフトウェア(組織、血漿)
FoundationOne Liquid CDx がんゲノムプロファイル
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
肺がんコンパクトパネルDxマルチコンパニオン診断システム
ジカディアセリチニブ非小細胞肺がんベンタナ OptiView ALK (D5F3)ALK融合タンパク
ヒストファイン ALK iAEP キット
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイルALK融合遺伝子
FoundationOne Liquid CDx がんゲノムプロファイル
ゼジューラニラパリブトシル卵巣がんmyChoice診断システム相同組換え修復欠損
ゼルボラフベムラフェニブ悪性黒色腫コバス BRAF V600 変異検出キットBRAF遺伝子変異
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
ゾスパタギルテリチニブフマル急性⾻髄性白血病リューコストラットCDx FLT3変異検査FLT3遺伝子変異
ターゼナタラゾパリブ去勢抵抗性前立腺がんFoundationOne CDx がんゲノムプロファイルBRCA遺伝子変異
タグリッソオシメルチニブメシル非小細胞肺がんコバス EGFR 変異検出キット v2.0(組織、血漿)EGFR遺伝子変異
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
FoundationOne Liquid CDx がんゲノムプロファイル
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
肺がんコンパクトパネルDxマルチコンパニオン診断システム
タズベリクタゼメトスタット濾胞性リンパ腫コバス EZH2 変異検出キットEZH2遺伝子変異
タフィンラー
メキニスト
ダブラフェニブメシル
トラメチニブ ジメチルスルホキシド
悪性黒色腫THxID BRAF キットBRAF遺伝子変異
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
MEBGEN BRAF キット
非小細胞肺がんオンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
タブレクタカプマチニブ非小細胞肺がんFoundationOne CDx がんゲノムプロファイルMET遺伝子エクソン14スキッピング変異
タルセバエルロチニブ非小細胞肺がんコバス EGFR 変異検出キット v2.0(組織、血漿)EGFR遺伝子変異
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
therascreen EGFR変異検出キットRGQ「キアゲン」
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
EGFRリキッド遺伝子解析ソフトウェア(組織、血漿)
FoundationOne Liquid CDx がんゲノムプロファイル
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
肺がんコンパクトパネルDxマルチコンパニオン診断システム
テセントリクアテゾリズマブ乳がんベンタナ OptiView PD-L1(SP142)PD-L1タンパク
非小細胞肺がん
非小細胞肺がん(術後補助療法)ベンタナ OptiView PD-L1(SP263)
テプミトコテポチニブ非小細胞肺がんAmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネルMET遺伝子エクソン14スキッピング変異
肺がんコンパクトパネルDxマルチコンパニオン診断システム
パージェタ
ハーセプチン
ペルツズマブ
トラスツズマブ
結腸・直腸がんパスビジョンHER-2 DNAプローブキットHER2遺伝子増幅度
ヒストラ HER2 FISH キット
ベンタナ ultraView パスウェー HER2(4B5)HER2タンパク
ハーセプチントラスツズマブ乳がんFoundationOne CDx がんゲノムプロファイルERBB2コピー数異常
唾液腺がんベンタナ DISH HER2キットHER2遺伝子増幅度
ベンタナ ultraView パスウェー HER2(4B5)HER2タンパク
ビジンプロダコミチニブ非小細胞肺がんコバス EGFR 変異検出キット v2.0(組織)EGFR遺伝子変異
therascreen EGFR変異検出キットRGQ「キアゲン」
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
ビラフトビエンコラフェニブ結腸・直腸がんMEBGEN RASKET-B キットBRAF遺伝子変異
therascreen BRAF V600E変異検出キットRGQ「キアゲン」
ビラフト
メクトビ
エンコラフェニブ
ビニメチニブ
悪性黒色腫THxID BRAF キットBRAF遺伝子変異
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
MEBGEN BRAF キット
結腸・直腸がんMEBGEN RASKET-B キット
therascreen BRAF V600E変異検出キットRGQ「キアゲン」
ベクティビックスパニツムマブ結腸・直腸がんMEBGEN RASKET-B キットKRAS/NRAS遺伝子変異
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
OncoBEAM RAS CRCキット
ペマジールペミガチニブ胆道がんFoundationOne CDx がんゲノムプロファイルFGFR2融合遺伝子
ポテリジオモガムリズマブ成⼈T細胞白血病リンパ腫ポテリジオテスト FCM**CCR4タンパク
末梢性T細胞リンパ腫ポテリジオテスト IHC**
リムパーザオラパリブ乳がんBRACAnalysis診断システムBRCA1/2遺伝子変異
卵巣がんBRACAnalysis診断システム
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル
myChoice診断システム相同組換え修復欠損
BRCA1/2遺伝子変異
前立腺がんFoundationOne CDx がんゲノムプロファイルBRCA1/2遺伝子変異
BRACAnalysis診断システム
FoundationOne Liquid CDx がんゲノムプロファイル
膵臓がんBRACAnalysis診断システム
ルマケラスソトラシブ非小細胞肺がんtherascreen KRAS 変異検出キット RGQ「キアゲン」KRAS G12C遺伝子変異
Guardant360 CDx がん遺伝子パネル
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
レットヴィモセルペルカチニブ非小細胞肺がんオンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステムRET融合遺伝子
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
甲状腺がんオンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
甲状腺髄様がんRET遺伝子変異
固形がんFoundationOne CDx がんゲノムプロファイルRET遺伝子変異
ロズリートレクエヌトレクチニブ固形がんFoundationOne CDx がんゲノムプロファイルNTRK1/2/3融合遺伝子
FoundationOne Liquid CDx がんゲノムプロファイル
非小細胞肺がんFoundationOne CDx がんゲノムプロファイルROS1融合遺伝子
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステム
FoundationOne Liquid CDx がんゲノムプロファイル
AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネル
OncoGuide AmoyDx ROS1 融合遺伝子検出キット
ローブレナロルラチニブ非小細胞肺がんベンタナ OptiView ALK (D5F3)ALK融合タンパク
ヒストファイン ALK iAEP キット
オンコマイン Dx Target Test マルチ CDxシステムALK融合遺伝子

独立行政法人 医薬品医療機器総合機構 コンパニオン診断薬等の情報 令和5年7月4日版より作成

参考文献
次世代シークエンサー等を用いた 遺伝子パネル検査に基づく がん診療ガイダンス2020年3月11日第2.0版
成人・小児進行固形がんにおける臓器横断的ゲノム診療のガイドライン第3版2022年2月 独立行政法人 医薬品医療機器総合機構 コンパニオン診断薬等の情報 令和5年4月7日版
OncoGuide NCC オンコパネルシステム 添付文書
FoundationOne CDx がんゲノムプロファイル 添付文書

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